Accettazione Campioni
Prima di cominciare ricorda di concordare un appuntamento con lo staff della nostra unità in modo di ottenere il codice del progetto scrivendo a uoproteomica@hsanmartino.it . Inserisci il codice progetto quando compili la scheda Accettazione Campioni.
Attività di servizio e supporto alla ricerca
Elenco delle prestazioni offerte e servizi aperti all’utenza
- Spettrometria di massa:
- Protein Identification by MS
- Protein Quantitation by MS (in prospettiva anche tramite SILAC e ICAT)
- Profili metabolici LC-MS
- Biomarker discovery
- Post Translational Modification
- Caratterizzazione molecolare
- Analisi quantitative SRM/MRM
- Analisi MALDI-MS
- Gel Based Proteomics
- Preparazione dei campioni per analisi in spettrometria di massa
- Elettroforesi monodimensionale (1D elettroforesi)
- Elettroforesi bidimensionale (2D elettroforesi)
- Colorazione ed analisi quantitativa dei gel 1D e 2D con programmi dedicati
- Caratterizzazione delle proteine separate in 1D o 2D elettroforesi con:
- anticorpi specifici (western blot)
- sonde di DNA o RNA marcate (southern-western blot)
- colorazioni per evidenziare modificazioni post-traslazionali come fosforilazione o glicosilazione (multiplexed proteomics).
- Proteomica differenziale
- Fosfoproteomica
- Elettroforesi 2D non riducente/riducente
- Addestramento sulle tecniche di proteomica
- Assistenza alla sperimentazione per definire il disegno sperimentale più adeguato per rispondere al quesito biologico di interesse
- Bioinformatica
- Computational Mass Spectrometry. Gestione e analisi degli spettri di massa, compreso loro pre-processing ed estrazione segnali significativi, attraverso software open source e sviluppato in proprio. Predisposizione e sottomissione dati su raw data repository.
- Visualizzazione e analisi di interazioni molecolari e relative reti. Analisi delle interazioni molecolari tramite CytoScape a partire da database di interazioni molecolari e di percorsi metabolici.
- Allestimento database e siti web. Allestimento su server virtuale di Istituto di database e siti web per la gestione e analisi dei dati per la ricerca, in particolare in relazione a quelli di proteomica e spettrometria di massa.
- Modelli tridimensionali di Macromolecole biologiche, simulazioni di docking e disegno di farmaci
- Cristallizzazione di proteine e/o DNA e di loro complessi con ligandi endogeni/esogeni
- Determinazione della struttura tridimensionale delle macromolecole biologiche mediante analisi dei dati di diffrazione di raggi X da cristalli. Le misure saranno effettuate presso i sincrotroni ESRF (Grenoble – F), ELETTRA (Trieste –I) e Diamond (Oxford – UK) a cui l’accesso è assicurato
- Costruzione e raffinamento dei modelli tridimensionali di biomolecole determinati sperimentalmente o “in silico”
- Disegno razionale di farmaci basato sulla conoscenza della struttura atomica dei target biologici
- Simulazioni di docking molecolare tra proteina e ligando, proteina:proteina, Proteina:DNA
- Modellistica Molecolare e Dinamica Molecolare
- Validazione di modelli molecolari attraverso il confronto di dati sperimentali sia idrodinamici che di SAXS con quelli calcolati a partire da strutture atomiche
- Simulazioni di dinamica molecolare di sistemi biologici complessi (Proteine/DNA) tramite simulazioni classiche di chimica computazionale (GROMACS)
- Caratterizzazione biochimico-strutturale di proteine e altri biopolimeri
- Raggio idrodinamico in soluzione tramite DLS
- Presentazione di richieste di beamtime per eseguire misure di HPLC-SAXS presso sincrotroni (accesso preferenziale al sincrotrone SOLEIl, Gif-sur-Yvette, FR)
- Biologia cellulare e molecolare
- Clonaggio, espressione e purificazione in cellule procariotiche di proteine ricombinanti.
- Tandem Affinity Purification.
- MTT Assay
Strumenti a disposizione dell’Unità Operativa Semplice
- Spettrofotometro UV-Vis Beckman DU640, termostatato e con portacuvette a sei posizioni motorizzato.
- Spettrofotometro UV-Vis Jasco V-530
- Spot-picker BioRad The Protein Works
- BioRad GS-800 Calibrated Densitometer
- BioRad Pharos FX Molecular Imager
- Tabletop Ultracentrifuge Beckman TL-100 con rotore ad angolo fisso e rotore swinging-buckets
- Sistema HPLC Perkin-Elmer serie 200 munito di dual pump, autosampler, UV-Vis detector, Waters 474 Scanning Fluorescent detector, Wyatt DAWN DSP-F multi-angle light scattering (MALS) detector (in obsolescenza), Wyatt Optilab DSP Interferential Refractometer.
- Sistema HPLC bidimensionale Agilent serie 1200 munito di due pompe capillari, pompa a flussi standard, detector DAD UV-Vis, due vani colonna termostatati dotati di valvole a 6 e 10 posizioni, autocampionatore flussi capillari, autocampionatore flussi standard, raccoglitore di frazioni, due degasatori.
- Spettrometro di massa ad alta risoluzione a tempo di volo Agilent serie 6210, equipaggiato con sorgente ESI e AP-MALDI (attualmente in attesa di riparazione).
- Sistema robotizzato per la manipolazione di liquidi TECAN Freedom Evo (in comproprietà con la Patologia Molecolare).
- Spettrometro di massa ad alta risoluzione Thermo Fisher Q Exactive Plus con interfaccia ESI e nano ESI equipaggiato con eventuale sorgente AP-MALDI.
- Sistema HPLC Thermo Fisher “Vanquish” dotato di pompa binaria, autocampionatore comparto colonne.
- Sistema cromatografico UHPLC Thermo Fisher “Ultimate Nano RSLC”, dotato di pompa a gradiente binario, autocampionatore, detector a lunghezza d’onda variabile.
- Attrezzatura per elettroforesi in gel di poliacrilamide monodimensionale
- Attrezzatura per elettroforesi in gel di poliacrilamide bidimensionale ad alta risoluzione con l’impiego di immobiline
- Attrezzatura completa per Western blotting e Souther–Western blotting di gel di poliacrilamide
- Centrifuga da banco refrigerata Beckman GS-6R
- Centrifuga mini-spin Eppendorf
- Ultracentrifuga OPTIMA Beckman n. inv. 26418
- Criostato Leitz 1720
- Contenitori azoto liquido per la crioconservazione di cellule e di materiale biologico
- Server virtuale messo a disposizione dall’IRCCS Policlinico San Martino Configurazione basata su quad core AMD Opteron 4171 HE, 64 bit, 2 GHz CPU con 7 Gb RAM. Sistema operativo Ubuntu Server 14.04.5 LTS. Versioni di Apache, PHP and MySQL aggiornate sulla base della distribuzione Ubuntu.
- Server virtuale messo a disposizione dal GARR. Configurazione attuale basata su quad core Intel Xeon E3, 64 bit, 2 GHz CPU con 8 Gb RAM, in espansione. Sistema operativo Ubuntu Server 16.04.5 LTS. Versioni di Apache, PHP and MySQL aggiornate sulla base della distribuzione Ubuntu.
- Software per l’identificazione delle proteine “Proteome Discoverer”.
- Software per studi di metabolomica “Compound Discoverer”.
- Incubatore a CO2 per colture cellulari New Brunswick S170
- Sistema di produzione acqua ultra pura (tipo 1) Millipore Direct Q-5 UV con serbatoio da 30 litri.
- Termal Cycler One Personal Euroclone.