Attività di servizio e supporto alla ricerca

Elenco delle prestazioni offerte e servizi aperti all’utenza

• Spettrometria di massa:
  • Protein Identification by MS
  • Protein Quantitation by MS (in prospettiva anche tramite SILAC e ICAT)
  • Profili metabolici LC-MS
  • Biomarker discovery
  • Post Translational Modification
  • Caratterizzazione molecolare
  • Analisi quantitative SRM/MRM
  • Analisi MALDI-MS
• Gel Based Proteomics
  • Preparazione dei campioni per analisi in spettrometria di massa
  • Elettroforesi monodimensionale (1D elettroforesi)
  • Elettroforesi bidimensionale (2D elettroforesi)
  • Colorazione ed analisi quantitativa dei gel 1D e 2D con programmi dedicati
  • Caratterizzazione delle proteine separate in 1D o 2D elettroforesi con:
    • anticorpi specifici (western blot)
    • sonde di DNA o RNA marcate (southern-western blot)
    • colorazioni per evidenziare modificazioni post-traslazionali come fosforilazione o glicosilazione (multiplexed proteomics).
  • Proteomica differenziale
  • Fosfoproteomica
  • Elettroforesi 2D non riducente/riducente
  • Addestramento sulle tecniche di proteomica
  • Assistenza alla sperimentazione per definire il disegno sperimentale più adeguato per rispondere al quesito biologico di interesse
• Bioinformatica
  • Computational Mass Spectrometry. Gestione e analisi degli spettri di massa, compreso loro pre-processing ed estrazione segnali significativi, attraverso software open source e sviluppato in proprio. Predisposizione e sottomissione dati su raw data repository.
  • Visualizzazione e analisi di interazioni molecolari e relative reti. Analisi delle interazioni molecolari tramite CytoScape a partire da database di interazioni molecolari e di percorsi metabolici.
  • Allestimento database e siti web. Allestimento su server virtuale di Istituto di database e siti web per la gestione e analisi dei dati per la ricerca, in particolare in relazione a quelli di proteomica e spettrometria di massa.
• Modelli tridimensionali di Macromolecole biologiche, simulazioni di docking e disegno di farmaci
  • Cristallizzazione di proteine e/o DNA e di loro complessi con ligandi endogeni/esogeni
  • Determinazione della struttura tridimensionale delle macromolecole biologiche mediante analisi dei dati di diffrazione di raggi X da cristalli. Le misure saranno effettuate presso i sincrotroni ESRF (Grenoble – F), ELETTRA (Trieste –I) e Diamond (Oxford – UK) a cui l’accesso è assicurato
  • Costruzione e raffinamento dei modelli tridimensionali di biomolecole determinati sperimentalmente o “in silico”
  • Disegno razionale di farmaci basato sulla conoscenza della struttura atomica dei target biologici
  • Simulazioni di docking molecolare tra proteina e ligando, proteina:proteina, Proteina:DNA
• Modellistica Molecolare e Dinamica Molecolare
  • Validazione di modelli molecolari attraverso il confronto di dati sperimentali sia idrodinamici che di SAXS con quelli calcolati a partire da strutture atomiche
  • Simulazioni di dinamica molecolare di sistemi biologici complessi (Proteine/DNA) tramite simulazioni classiche di chimica computazionale (GROMACS)
• Caratterizzazione biochimico-strutturale di proteine e altri biopolimeri
  • Raggio idrodinamico in soluzione tramite DLS
  • Presentazione di richieste di beamtime per eseguire misure di HPLC-SAXS presso sincrotroni (accesso preferenziale al sincrotrone SOLEIl, Gif-sur-Yvette, FR)
• Biologia cellulare e molecolare
  • Clonaggio, espressione e purificazione in cellule procariotiche di proteine ricombinanti.
  • Tandem Affinity Purification.
  • MTT Assay

Strumenti a disposizione dell’Unità Operativa Semplice

• Spettrofotometro UV-Vis Beckman DU640, termostatato e con portacuvette a sei posizioni motorizzato.
• Spettrofotometro UV-Vis Jasco V-530
• Spot-picker BioRad The Protein Works
• BioRad GS-800 Calibrated Densitometer
• BioRad Pharos FX Molecular Imager
• Tabletop Ultracentrifuge Beckman TL-100 con rotore ad angolo fisso e rotore swinging-buckets
• Sistema HPLC Perkin-Elmer serie 200 munito di dual pump, autosampler, UV-Vis detector, Waters 474 Scanning Fluorescent detector, Wyatt DAWN DSP-F multi-angle light scattering (MALS) detector (in obsolescenza), Wyatt Optilab DSP Interferential Refractometer.
• Sistema HPLC bidimensionale Agilent serie 1200 munito di due pompe capillari, pompa a flussi standard, detector DAD UV-Vis, due vani colonna termostatati dotati di valvole a 6 e 10 posizioni, autocampionatore flussi capillari, autocampionatore flussi standard, raccoglitore di frazioni, due degasatori.
• Spettrometro di massa ad alta risoluzione a tempo di volo Agilent serie 6210, equipaggiato con sorgente ESI e AP-MALDI (attualmente in attesa di riparazione).
• Sistema robotizzato per la manipolazione di liquidi TECAN Freedom Evo (in comproprietà con la Patologia Molecolare).
• Spettrometro di massa ad alta risoluzione Thermo Fisher Q Exactive Plus con interfaccia ESI e nano ESI equipaggiato con eventuale sorgente AP-MALDI.
• Sistema HPLC Thermo Fisher “Vanquish” dotato di pompa binaria, autocampionatore comparto colonne.
• Sistema cromatografico UHPLC Thermo Fisher “Ultimate Nano RSLC”, dotato di pompa a gradiente binario, autocampionatore, detector a lunghezza d’onda variabile.
• Attrezzatura per elettroforesi in gel di poliacrilamide monodimensionale
• Attrezzatura per elettroforesi in gel di poliacrilamide bidimensionale ad alta risoluzione con l’impiego di immobiline
• Attrezzatura completa per Western blotting e Souther–Western blotting di gel di poliacrilamide
• Centrifuga da banco refrigerata Beckman GS-6R
• Centrifuga mini-spin Eppendorf
• Ultracentrifuga OPTIMA Beckman n. inv. 26418
• Criostato Leitz 1720
• Contenitori azoto liquido per la crioconservazione di cellule e di materiale biologico
• Server virtuale messo a disposizione dall’IRCCS Policlinico San Martino Configurazione basata su quad core AMD Opteron 4171 HE, 64 bit, 2 GHz CPU con 7 Gb RAM. Sistema operativo Ubuntu Server 14.04.5 LTS. Versioni di Apache, PHP and MySQL aggiornate sulla base della distribuzione Ubuntu.
• Server virtuale messo a disposizione dal GARR. Configurazione attuale basata su quad core Intel Xeon E3, 64 bit, 2 GHz CPU con 8 Gb RAM, in espansione. Sistema operativo Ubuntu Server 16.04.5 LTS. Versioni di Apache, PHP and MySQL aggiornate sulla base della distribuzione Ubuntu.
• Software per l’identificazione delle proteine “Proteome Discoverer”.
• Software per studi di metabolomica “Compound Discoverer”.
• Incubatore a CO2 per colture cellulari New Brunswick S170
• Sistema di produzione acqua ultra pura (tipo 1) Millipore Direct Q-5 UV con serbatoio da 30 litri.
• Termal Cycler One Personal Euroclone.