Software di analisi dati MALDI-ToF
Geena 2
Pre-analisi di liste di picchi da spettri MALDI-ToF.
Per ogni lista di picchi, esegue i passi seguenti:
- somma le abbondanze isotopiche relative alla stessa specie molecolare,
- normalizza i segnali utilizzando uno standard, quando disponibile,
- rimuove il rumore di fondo, se richiesto,
- calcola la lista di picchi ‘media’ per ciascun campione biologico,
- allinea i segnali comuni nei diversi campioni.
In output, fornisce l’allineamento dei segnali comuni identificati nella liste dei picchi sottomesse.
Link: http://proteomics.hsanmartino.it/geena2/
GeenaR
GeenaR è un’estensione di Geena 2 basata su librerie R di pubblico dominio. Inoltre, sostiene la riproducibilità delle analisi tramite il report che contiene il codice R utilizzato.
Le seguenti elaborazioni sono disponibili e posono essere eseguite di seguito:
- Stabilizzazione della varianza, implementata tramite uno dei seguenti metodi: SQRT, LOG, LOG2, LOG10
- Smoothing, implementato tramite uno dei seguenti metodi: Savitzky-Golay, Moving average
- Rimozione della linea di base, implementata tramite uno dei seguenti metodi: Statistics-sensitive Non-linear Iterative Peak-clipping (SNIP), fast algorithm on kernels (TopHat), convex hull, median.
- Normalizzazione, implementata tramite uno dei seguenti metodi: Total Ion Current (TIC), Probabilistic Quotient Normalization (PQN), median.
- Calcolo della media, implementata tramite uno dei seguenti metodi: mean, median, sum.
- Allineamento delle repliche tecniche, compresi stima del rumore e correzione di fase. La stima del rumore è implementata tramite uno dei seguenti metodi: Median Absolute Deviation (MAD), Friedman’s Super Smoother. La correzione di fase è implementata tramite uno dei seguenti metodi: Local Weight Scatterplot Smoothing (LOWESS), linear, quadratic, cubic warping methods.
GeenaR può anche effettuare la clusterizzazione e visualizzare i dati come segue:
- la clusterizzazione può essere implementata tramite una delle seguenti “link function”: average, complete, ward, median. Il numero di cluster può essere definito tramite gap statistics o silhouette analyis oppure può essere fornito dall’utente.
- La heatmap può essere visualizzata. La heatmap può essere ordinata nelle sue dimensioni per i soli campioni, i soli segnali, o per entrambi.
- La Principal Component Analysis (PCA) può essere eseguita anch’essa.
Link: http://proteomics.hsanmartino.it/geenar/
Seradeg
Questo programma valuta l’integrità dei campioni di siero esaminandone il contenuto di fibrinopeptide A (fpA). Dapprima estrai dagli spettri le liste dei picchi, che sono poi elaborate per ridurre il rumore. Infine, i segnali relativi ai frammenti di fpA sono confrontati tra loro per stabilire sia la loro abbondanza complessiva, sia il contributo percentuale di ciascuno di essi. Le abbondanze sono espresse in percentuale dell’abbondanza di uno spettro di riferimento derivato da un campione di buona qualità. In assenza di uno spettro di riferimento, viene considerato come tale lo spettro con la maggiore abbondanza complessiva.
Uno score qualitativo è assegnato a ogni spettro considerando sia la sua abbondanza complessiva, sia il rapporto tra le abbondanze dei frammenti più conservati e di quelli più degradati.
Link: http://proteomics.hsanmartino.it/seradeg/
